АО «ЦЭНКИ» обеспечивает комплексными пусковыми услугами по запуску космических аппаратов в рамках Федеральной космической программы, Федеральной целевой программы «Глобальная навигационная система», в интересах обороноспособности и безопасности страны, по программам международного сотрудничества и по коммерческим проектам.
За период своего существования ФГУП «ЦЭНКИ» участвовало в качестве головного исполнителя (или соисполнителя) работ по организации и проведению большинства пусков РКН (ракет космического назначения) с космодрома Байконур. Кроме того, организованы работы или принято участие в обеспечении более ста пусков ракет космического назначения с космодромов Плесецк и Капустин Яр.